Готовим вместе с Игорем Егоровым очередной семинар tbd2. На этот раз выбрали тему "Биоинформатика. Окна возможностей". Ключевой спикер Павел Певзнер (University of California at San Diego, АУ РАН). Семинар состоится в бизнес-инкубаторе "Ингрия" 30 августа, на следующий день после конференции RECOMB Open Problems in Algorithmic Biology.
Я между тем читаю "историко-научное" введение в биоинформатику - это книга Мэтта Ридли "Геном: автобиография вида в 23 главах".
Почему мы выбрали это направление? Сейчас есть уникальная возможность создать в Санкт-Петербурге центр компетенций по биоинформатике. За эти два-три года и в академической, и в бизнес среде города произошло несколько существенных событий. Причем до 2010 года в сфере разработки софта для биотеха были замечены только две компании: GGA Software Services и Wave Access. В университетах исследования велись в основном в области компьютерной биологии, в частности в 2002 году Мария Самсонова начала вести городской семинар в Политехе по этой теме.
2010
Исследовательский и бизнес контексты начинают формироваться. Поэтому важно не упустить момент, чтобы катализровать создание и необходимой экосистемы для привлечения талантов и капиталов в эту отрасль. Семинаром tbd2 мы хотим поддержать этот процесс.
У меня на очереди к просмотру два видео:
An Introduction to Biotechnology and Bioinformatics, Daniel Reda (Singularity University)
и «Персональная медицина и ассемблирование геномов: пазл с миллиардом частей» - выступление Павла Певзнера на лекциях "Полит.ру".
Я между тем читаю "историко-научное" введение в биоинформатику - это книга Мэтта Ридли "Геном: автобиография вида в 23 главах".
Почему мы выбрали это направление? Сейчас есть уникальная возможность создать в Санкт-Петербурге центр компетенций по биоинформатике. За эти два-три года и в академической, и в бизнес среде города произошло несколько существенных событий. Причем до 2010 года в сфере разработки софта для биотеха были замечены только две компании: GGA Software Services и Wave Access. В университетах исследования велись в основном в области компьютерной биологии, в частности в 2002 году Мария Самсонова начала вести городской семинар в Политехе по этой теме.
2010
- начали свою работу две вузовских лаборатории - в АУ РАН лаборатория алгоритмической биологии под руководством Павла Певзнера
- и в НИУ ИТМО на базе кафедры "КТ" лаборатория "Алгоритмы сборки геномных последовательностей".
- двумя университетами — СПбГПУ и СПбГУ образован межвузовский Научно-образовательный центр (НОЦ) «Математическая биология систем» — для научной работы и обучения в области математической и системной биологии.
- В АУ РАН при поддержке JetBrains работает магистратура "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике".
- В программу летней практики для школьников 10 классов ФМЛ 239 и 30 на кафедре "Прикладная математика" включена лекция Марии Самсоновой о биоинформатике
- сформирована лаборатория биоинформатики НИУ ИТМО (фактически исследования велись с 2007 г.)
- в рамках межвузовской программы Game|Changers мы стартовали трек по бизнесу в сфере биоинформатики.
- AstraZeneca работает над созданием центра биоинформатики и прогностической медицины.
- Михаил Капушевский запускает в Великобритании стартап GeneStack (сотрудники набираются в Петербурге в сотрудничестве с JetBrains)
- на базе СПбГУ в лаборатории Стивена О’Брайена открыт центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского.
- Корпорация EMC c помощью своего петербургского центра разработок начинает работу над запуском своего сколковского центра исследований и разработок по облачным технологиям и аналитике big data в области биоинформатики и энергоэффективности
- состоялся первый петербургский TEDx - TEDxNevaRiver. На нем выступили два спикера занимающиеся в России биоинформатикой - Михаил Гелфанд (МГУ, ИППИ РАН) и Николай Вяххи (АУ РАН).
- Запущена платформа Rosalind - среда для изучения биоинформатики с помощью решения задач. Совместная разработка University of California San Diego и АУ РАН перенимает опыт таких практико-ориентированных проектов как Project Euler, Google Code Jam и открытых он-лайн курсов.
- Открыта магистратура по биоинфоматике (а также математической системной биологии и медицины) в СПбГПУ на базе кафедры прикладной математики.
- В конце августа формируется "неделя биоинформатики": две научных конференции 4th RECOMB Satellite Conference on Bioinformatics Education и (RECOMB-BE) и 1st RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB) и экосистемный семинар tbd2 "Биоинофрматика. Окна Возможностей".
2013
- На основе курсов по биоинформатике на базе АУ РАН открыт Институт биоинформатики. Поддержку института осуществляют компания JetBrains и лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН. Исполнительный директор института - Екатерина Чайкина.
У меня на очереди к просмотру два видео:
An Introduction to Biotechnology and Bioinformatics, Daniel Reda (Singularity University)
