Bioinformatics in St. Petersburg

Готовим вместе с Игорем Егоровым очередной семинар tbd2. На этот раз выбрали тему "Биоинформатика. Окна возможностей". Ключевой спикер Павел Певзнер (University of California at San Diego, АУ РАН). Семинар состоится в бизнес-инкубаторе "Ингрия" 30 августа, на следующий день после конференции RECOMB Open Problems in Algorithmic Biology.

Я между тем читаю "историко-научное" введение в биоинформатику - это книга Мэтта Ридли "Геном: автобиография вида в 23 главах".

Почему мы выбрали это направление? Сейчас есть уникальная возможность создать в Санкт-Петербурге центр компетенций по биоинформатике. За эти два-три года и в академической, и в бизнес среде города произошло несколько существенных событий. Причем до 2010 года в сфере разработки софта для биотеха были замечены только две компании: GGA Software Services и Wave Access.  В университетах исследования велись в основном в области компьютерной биологии, в частности в 2002 году Мария Самсонова начала вести городской семинар в Политехе по этой теме.

2010

• начали свою работу две вузовских лаборатории - в АУ РАН лаборатория алгоритмической биологии под руководством Павла Певзнера
• и в НИУ ИТМО на базе кафедры "КТ" лаборатория "Алгоритмы сборки геномных последовательностей".
• двумя университетами — СПбГПУ и СПбГУ образован межвузовский Научно-образовательный центр (НОЦ) «Математическая биология систем»  — для научной работы и обучения в области математической и системной биологии.
• В АУ РАН при поддержке JetBrains работает магистратура "Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике".
• В программу летней практики для школьников 10 классов ФМЛ 239 и 30 на кафедре "Прикладная математика" включена лекция Марии Самсоновой о биоинформатике

2011

• сформирована лаборатория биоинформатики НИУ ИТМО (фактически исследования велись с 2007 г.)
• в рамках межвузовской программы Game|Changers мы стартовали трек по бизнесу в сфере биоинформатики. 
• AstraZeneca работает над созданием центра биоинформатики и прогностической медицины. 

2012

• Михаил Капушевский запускает в Великобритании стартап GeneStack (сотрудники набираются в Петербурге в сотрудничестве с JetBrains)
• на базе СПбГУ в лаборатории Стивена О’Брайена открыт центр геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского. 
• Корпорация EMC c помощью своего петербургского центра разработок начинает работу над запуском своего сколковского центра исследований и разработок по облачным технологиям и аналитике big data в области биоинформатики и энергоэффективности
• состоялся первый петербургский TEDx - TEDxNevaRiver. На нем выступили два спикера занимающиеся в России биоинформатикой - Михаил Гелфанд (МГУ, ИППИ РАН) и Николай Вяххи (АУ РАН).
• Запущена платформа Rosalind - среда для изучения биоинформатики с помощью решения задач. Совместная разработка University of California San Diego и АУ РАН перенимает опыт таких практико-ориентированных проектов как Project Euler, Google Code Jam и открытых он-лайн курсов.
• Открыта магистратура по биоинфоматике (а также математической системной биологии и медицины) в СПбГПУ на базе кафедры прикладной математики.
• В конце августа формируется "неделя биоинформатики": две научных конференции 4th RECOMB Satellite Conference on Bioinformatics Education и (RECOMB-BE) и 1st RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB) и экосистемный семинар tbd2 "Биоинофрматика. Окна Возможностей". 

2013

• На основе курсов по биоинформатике на базе АУ РАН открыт Институт биоинформатики. Поддержку института осуществляют компания JetBrains и лаборатория алгоритмической биологии СПбАУ РАН. Исполнительный директор института - Екатерина Чайкина.

Исследовательский и бизнес контексты начинают формироваться. Поэтому важно не упустить момент, чтобы катализровать создание и необходимой экосистемы для привлечения талантов и капиталов в эту отрасль. Семинаром tbd2 мы хотим поддержать этот процесс.

У меня на очереди к просмотру два видео:
 An Introduction to Biotechnology and Bioinformatics, Daniel Reda (Singularity University) 

и «Персональная медицина и ассемблирование геномов: пазл с миллиардом частей» - выступление Павла Певзнера на лекциях "Полит.ру".

HomeWork 2

The apartment project HomeWork was a story of 2011. We've started Game|Changers 2011 there. Now we prepare for the next Game|Changers season and it's time to find a new HomeWork.

 

photo by Sergey Konkov 

The new HomeWork is

• still about people, home, work, wonderful kitchen, events and keys
• and less about media and big events (probably even its address will be a secret)
• still in the city center near a subway station, but the final location also can be 'Petrogradka' or islands like Vasilievsky or Krestovsky.

In HomeWork we used to connect doers, thinkers and gamechangers mainly from St. Petersburg and Moscow. The new version is also to attract people from around the world and to outreach meanings and ideas originated in St. Petersburg. That’s why this note is in English.

Another ‘application’ that we initiated in HomeWork (with beanbags) and is to be developed now is to facilitate the apartment's space as a playground/sandbox for new stuff and technologies that come into our life.

Restrictions:

• no smoking
• no cookies (except hand-made)
• music - live only (it's probably the less known HomeWork rule)
• text communication - English only

What we are looking for:

• option A: 5 and more room apartments, > 200 sq. m.
• option B: 2 or 3 neighbour apartments (on the same floor), > 250 sq. m/

In case you are already interested in keys, rooms or partnerships please contact:

Sergey Karashevich +7 921 449 05 58 sergeykarashevich <at> gmail <.>com

5 Days in Computeria Land

У меня наступили очередные каникулы льва Бонифация - по приглашению Светланы Захаровны Могилевской я приехал в детский компьютерный лагерь "КОМПЬЮТЕРиЯ". Задачи было две:

• разобраться могут ли быть интересны и полезны мои знания про индустрию ИТ школьникам
• и изучить контекст, чтобы понять кого еще и зачем можно звать из моих знакомых в эту волшебную страну.

Индустрия
Аудитория для "Введения в индустрию ИТ" действительно есть среди старших школьников. У тех, у кого интерес к теме есть, сложностей с восприятием я не заметил. B2B, B2C, C2C вообще идут на ура, так как и звучат и пишутся увлекательно. Про С2B я не собирался рассказывать, но мне было сказано: "а как же C2B?" - обсудили и C2B.

У меня складывается впечатление, что большинство занятий в лагере очень динамичные (что замечательно), поэтому мои истории в разговорно-диалоговом жанре были восприняты хорошо. Этот вывод я делаю на том основании, что количество и качество остаточных знаний на следующий день после занятий было не хуже, чем у наших студентов.

На следующий сезон можно подумать об исследовательском центре, вроде IDC или Gartner который бы выдавал задачи успешным коллективам по исследованию ситуации в компьютерской и глобальной экономиках.

Смена онтологии
Идеологи и организаторы лагеря поменяли затёртые названия традиционных ролей в лагерях.

вожатый -> эксперт
отряд -> город
староста -> мэр

А весь лагерь - это страна. Тут есть своя экономика (работают даже пластиковые карточки с двумя счетами, рублевым и в местной валюте - в битах). Есть своя политическая система с администрацией президента и парламентом (по стечению обстоятельств баланс сил напоминает российскую реальность). Работают местные СМИ, ежедневные новости выглядят так, см. также регулярные видео-отчеты.

Площадка
Берег реки Тверца, в получасе езды от Твери. Это настоящий кампус с вайфаем, гостиницей, банями и спортивными площадками. Много тихих пространств и помещений для коворкинга.

Дети живут в корпусах разных типов, есть недавно построенные громадные бревенчатые с навороченной сантехникой - вообщем практически Финляндия.

Порадовала общая культура места. Все вежливые, курение на территории запрещено, раздельный сбор мусора.

Есть уважение к истории. Можно встретить "фрески" из советского времени.

Чего лично мне не хватало - спорта. Играл с экспертами во фрисби, были бы еще бассейн, йога или тайцзи, и можно безвылазно жить. Для долгосрочного обитания, вероятно, можно поработать над питанием. В эту смену мне еще очень повезло, в ресторане есть пианино, оперативно покушавший ребенок регулярно приходил и играл волшебную мелодию, которая у меня теперь крутится в голове.

Впечатления
Впечатлений много и их запасов хватит на несколько месяцев рефлексии. Эффект масштаба действует - на 200 детей обязательно найдется двадцатка с которой будет над чем работать. Теперь я лучше понимаю Алана Кея.

Ситуация сейчас понятна, смело рекомендую вписываться в образовательную программу. Часть процессов тут вполне в жанре ad-hoc education, поэтому всегда можно оперативно додумать формат участия. 

Прошлогодние впечатления "Русского Репортера" можно прочитать в статье "Король Матиуш и социальные сети". 

JetBrains. Company and products (Kotlin included)

В конце января провели занятие Game|Changers в JetBrains. Поставили две задачи:

• изучить JetBrains как пример компании работающей на международном рынке в узкоспециализированной нише с высокотехнологичными продуктами;
• разобраться почему и зачем в компании начали разработку собственного языка программирования.

С решением первой задачи нам помогает Олег Степанов, сейчас занимается запуском новых продуктов компании (шутит, что занимает позицию Chief Whiteboard Operator), а второй — Андрей Бреслав, ведущий разработчик языка Kotlin. Кроме студентов вопросы им задают также Алексей Баранов, основатель и директор компании Indeed-ID и Владимир Горовой, менеджер продуктов в петербургском офисе Яндекса. Оба “гостевых” эксперта, несмотря на свои руководящие позиции пользуются JetBrains IntelliJ IDEA.

Впервые про компанию я узнал году в 2005-м, когда Вартан Хачатуров — мой коллега по Siemens (ныне работает в Yota) упомянул, что среди его знакомых наиболее толковые Java программисты так или иначе оказываются в JetBrains.

JetBrains — это коллектив программистов создающих инструменты, с помощью которых еще удобнее разрабатывать программы. Два ключевых продукта компании это IntelliJ IDEA (умная среда для разработки на Java) и ReSharper (дополняет Microsoft Visual Studio интеллектом IntelliJ IDEA для разработчиков на .NET). JetBrains — наглядный пример работающего просьюмеризма, когда большинство сотрудников являются активными пользователями собственных разработок. Они делают продукты для самих себя, а несколько их коллег продает результат этой работы другим разработчикам во всём мире. Так как продукт получается очень удобный и значительно повышает производительность труда, то им сначала начинают пользоваться отдельные программисты, а потом их руководители покупают продукт на всю компанию или отдел.

В этом JetBrains похожи на более известную компанию 37Signals. Среди “айти-общественности” компания знаменита веб-инструментами для совместной работы (среди которых BaseCamp) и open source фреймворком Ruby on Rails. Заметную популярность, в том числе и в России, 37Signals приобрели в деловой среде выпустив книги Getting Real (2006) и REWORK (“Манн, Иванов и Фербер” издали перевод на русский в 2011-м).

В обеих компаниях талантливые инженеры пишут код для себя, а результат востребован  сотнями тысяч людей во всем мире. Обе компании сформировались на границе девяностых и двухтысячных. Обе уделяют действительно большое внимание работе со своей аудиторией — об их техподдержке говорят, как об образцовой (Алексей Баранов, например, часто упоминает о своем удовольствии от работы с 37Signals и том, как оперативно и результативно они реагируют на обращения пользователей). Компании частные, в 37Sigmals в 2006-м долю приобрел Jeff Bezos (глава Amazon).

В результате занятия у нас получилось три видео-записи и небольшой конспект (мы всё еще пытаемся документацию вести на английском).

Часть I
Олег Степанов и создание продуктов  

Видео 1 (61 минута)

Смотреть можно начиная с 12:11, до этого идет установочная работа (вводные слова, знакомство, подготовка списка вопросов). Звук не очень хороший, поэтому если Вы далеки от мира разработки софта, то смотреть лучше с комментариями приглашенного программиста (конспект в помощь).

Олег Степанов рассказывает

• о том как 12 лет назад появилась компания;
• какими тогда были среды разработки (IDE - Integrated Development Environment) - на рынок которых JetBrains вышла;
• почему в Петербурге хорошие программисты;
• об английском языке как рабочем, и почему он не всегда работает в качестве основного;
• о разработке технологии, которая благодаря своему интеллекту сделала IntelliJ IDEA популярным IDE;
• о запуске ReSharper и разработке своего профайлера;
• о неудачном опыте создания продуктов для непрограммистов;
• о том, что мозг может быть средством более эффективным, чем подробный сбор и анализ статистики при принятии решении об изменениях в продукте;
• о найме сотрудников и об офисе для разработчиков в Москве.

Также мы начали рассматривать организационную структуру JetBrains. В компании сейчас около 250 сотрудников, 200 их них разработчики. Компания действительно международная, но только примерно для десятка сотрудников русский язык не является родным.

Прежде чем перейдем ко второму видео, несколько слов о спикере. С Олегом Степановым я познакомился в конце 2010-го, когда мы пришли туда с занятием “Введения в индустрию ИТ”. С тех пор я заглядываю в его ЖЖ. Мы периодически переписываемся по почте и в твиттере по темам связанным с изменениями в образовании. Олег учился в 30-ке, потом в ИТМО. Программистом работал начиная с первого курса, в 2003-м на третьем курсе пришел в JetBrains. C 2005-го стал совмещать работу разработчика с менеджерской деятельностью. В 2009-м закончил аспирантуру ИТМО на кафедре Компьютерных технологий (КТ), тема диссертации “Методы реализации автоматных объектно-ориентированных программ”.


Видео 2 (27 минут)

• продолжаем рисовать организационную структуру;

• вспоминаем Joel Spolsky и его ‘Developer Abstraction Layer’;

• рисуем географию офисов JetBrains (Прага, Москва, Бостон, Мюнхен). В 2011-м открылся офис в Мюнхене, куда переехало 30 человек. Офис создан для тех сотрудников, кто хочет жить и работать в Европе, но оставаться при этом в JetBrains;

• разобрались по какому принципу открываются новые офисы;

• обсуждаем чем занимается отдел продаж (а именно пассивными продажами) и как организована техподдежка;

• как повлиял на IntelliJ IDEA выпуск её open source версии;

Несколько последних минут рассказа потеряны - на карте памяти закончилось место.

Перед второй частью занятия мы совершили экскурсию по петербургскому офису. Компания занимает три этажа в бизнес-центре “Times”, расположенном у Кантемировского моста. Команды разработчиков располагаются в комнатах по 5-6 человек, но при этом нет ощущения закрытых пространств — у многих комнат совсем нет дверей. Есть несколько кухонь. В холодильниках всегда есть обеды, напитки и компоненты для бутербродов. В некоторых переговорках установлено оборудование для телеконференций.

Часть II
Андрей Бреслав и языки программирования

Андрея можно увидеть на самой первой фотографии этого поста. При каких обстоятельствах мы познакомились не помню, видимо посредством множества общих знакомых. Андрей известен преподаванием в 239-й школе, Академии современного программирования (вошла в Computer Science Center), НИУ ИТМО и СS Club при ПОМИ. Работал в Borland, стажировался в Microsoft Research. Входит в рабочую группу JSR-335 “Lambda Expressions” в Java Community Process.

С июне 2010 года Андрей года зашел в JetBrains, чтобы поговорить о планах компании по разработке нового языка программирования. Сначала он утверждал, что такой новый язык не нужен. Отстоять свою позицию не удалось и Андрей стал работать в компании. В результате новый язык начал получаться, а его кандидатская — перестала.

Видео 3 (41 минута - до 40:44)

Запись начинается с прикручивания камеры к штативу (после первой минуты штормить перестанет). В это время Андрей Бреслав говорит о языке Scala, и что значительная часть кода Twitter и LinkedIn написана на нём. Затем в деталях рассказывает о своем неформальном пути в JetBrians.

Чтобы разобраться в контексте “рынка” (или экосистемы) языков программирования Андрей рисует схему эволюции языков и фреймворков от ассемблера до наших дней (не забыв высказать свое отношение к Ruby и RoR).

Говорим

• о выживаемости языков (“большие” языки обычно хорошо себя чувствуют, когда существуют вместе с платформой)
• о причине появления Node.js
• о виртуальной машине SmallTalk
• об enterprise мракобесии на Java
• на чем пишется код для систем high-frequency trading
• о четырех новых альтернативных статично типизированных языках программирования (GOSU, Ceylon, Xtend и Kotlin)
• зачем JetBrains свой язык и сколько человек сейчас над ним работает

В подробности языка мы углубляться не стали, так как:
Чем Kotlin лучше Java коллеги Андрея написали в хабра-анонсе. А Андрей написал статью в “Открытых Системах” (№ 09, 2011) и прочитал лекцию в Computer Science Club.  

--
фото: Ольга Баршай
видео: Дмитрий Макаров
выпускающий редактор занятия: Оксана Буяк